В начале 18 века часть восставших против правления Пертра I казаков (Булавинское восстание) во главе с Некрасовым (некрасовцы) ушла в Крым и на Кубань, образовав Первое Кубанское казачье войско, получившее значительные привилегии от крымского хана. Некрасовцы долгое время совершали набеги на приграничные российские земли, но в 1740 г., спасаясь от царских войск, переселилась в Османскую империю (область Добруджа и далее в Малую Азию).

На Украине, хотя и имевшую большую самостоятельность, история развивалась в том же ключе. Гетман Правобережной Украины Петр Дорошенко, отстаивавший казацкие свободы от диктата Москвы, не нашел ничего лучшего, как пойти на соглашение с Адиль-Гиреем, по которому казаки могли свободно переходить в Крым, и изъявил желание уйти под покровительство Турции, выступая совместно с татарами против Речи Посполитой.

После покорения царскими войсками Запарожской Сечи около пяти тысяч казаков бежало в устье Дуная, создав Задунайскую Сечь под протекторатом турецкого султана. Часть этого казачьего войска осела здесь, другая же оказалась в различных частях Балканского полуострова, растворившись многонациональном населении империи. Российским правительство было предпринято несколько попыток интегрировать оставшихся казаков в российскую армию и общество будущей Новороссии, однако казаки не желали подчиняться требованиям суровой дисциплины. Первоначально запорожцев было решено расселить между Южным Бугом и Днестром с центром в городе Слободзея.

Однако правительством Екатерины приняло решение о переселении запорожцев на Кавказ. Начались долгие переговоры о месте поселения. Атаман Головатый просил выделить войску земли не только в Тамани и Керченском полуострове (на что уже было дано согласие Потёмкиным ещё в 1788 году), но и земли на правом берегу реки Кубань, тогда ещё ни кем не освоенные.

Так было создано Черноморское казачье войско российским правительством в 1787 году из частей верных запорожцев, основу которого составляли казаки Запорожской сечи.